Handläggningstiden för ansökan om specialtillstånd är 30 dagar efter att ansökan har inkommit till Fimea enligt läkemedelsförordningen. Brådskande ansökningar om specialtillstånd (så kallade snabbtillstånd) behandlas så fort som möjligt.
Ansökningar som fyllts i bristfällande fördröjer handläggningen och den tid som går åt tilläggsutredningarna räknas inte med i handläggningstiden.
E-tjänsten för specialtillstånd gör ansökningsprocessen smidigare för alla parter. Alla parter fyller i samma elektroniska ansökan på nätet och ansökan behöver då inte överföras separat mellan olika aktörer. Den elektroniska blanketten ger anvisningar om hur man fyller i blanketten, vilket minskar felen och behovet av tilläggsutredningar. I e-tjänsten finns dessutom en lista över läkemedel som kräver specialtillstånd, där läkemedel enkelt kan sökas med handelsnamn eller aktiv substans. De delaktiga parterna har också en aktuell vy över hur deras ansökan framskrider. Ett beslut kan laddas ner i e-tjänsten under hela dess giltighetstid.
Om det av någon anledning inte går att ansöka elektroniskt kan man ansöka om specialtillstånd med den gamla blanketten. Det rekommenderas dock att övergå till det elektroniska systemet så snart som möjligt. En ansökan om specialtillstånd som fyllts i skriftligt med den gamla blanketten handläggs snabbare om ansökan skickas med Fimeas Säker post i stället för med vanlig brevpost.